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Y en 1941, el presidente del club deportivo, Benjamín Claro Velasco, formó una comisión para rediseñar el emblema, recayendo la tarea en el presidente de la filial de la «U» en Temuco, Miguel González. Directores: Carolina Coppo, Carlos Larraín, José Joaquín Laso, Miguel León, Roberto Nahum, Juan Pablo Pávez, Andrés Segú y Andrés Weintraub. El símbolo del club está inspirado en el chuncho (mochuelo patagón), que se remonta a la creación del Club Náutico Universitario, entidad que aportó con su emblema al Club Universitario de Deportes, cuando este se fundó en 1927. El origen del chuncho se debe a Pablo Ramírez Rodríguez, dirigente de natación y Ministro de Hacienda en 1945, quien trajo desde Alemania el diseño del emblema. Su inauguración se produjo el 2 de julio de 2000, con la victoria de Universitario por 2:0 frente al Sporting Cristal, en un encuentro válido por el Torneo Apertura de ese año.