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Su primer resultado grabado de Croacia como asociado a la FIFA fue un empate a un gol con Eslovaquia el 8 de septiembre en Bratislava. Además, el jugador del Getafe Javier Casquero, autor del gol y exjugador del Racing, provocó al público con gestos y se burló de los jugadores racinguistas por la eliminación del equipo cántabro, lo que causó revuelo al final del encuentro entre las filas de la plantilla del Racing y el jugador rival. El encuentro se saldó con victoria de los maños (1-2), condenando al Deportivo de La Coruña al descenso. Sin embargo, y a pesar de las dificultades, Manolo Salvador y el técnico lograron formar un equipo competitivo para la categoría, disipando los temores de un nuevo descenso. En la clasificación acabó último con 26 puntos, a 17 de la salvación, y, tras perder 2-0 contra el Recreativo de Huelva el 27 de abril de 2008, consumó su descenso matemático a Segunda División. El 16 de abril de 2008, Gianni De Biasi dimitió al ver imposible la salvación del conjunto granota. Los jugadores, hartos de no cobrar durante año y medio, amenazaron con iniciar una huelga, con lo que se negaron a jugar los partidos de liga Recreativo-Levante y Levante-RCD Espanyol; sin embargo, el sábado 26 de abril de 2008, se llegó a un acuerdo con el club, que pagaría 10 de los 18 millones de euros que les debían.

Una situación que no impidió, sin embargo, encadenar la mejor racha en lo deportivo, consiguiendo tres jornadas consecutivas sin perder. Todas estas bajas son producto del retraso de los pagos a los jugadores por la mala situación económica que atravesaba el club. La acumulación de deudas provocó la amenaza de los jugadores al club, que amenazaron con marcharse si la situación económica del club no cambiaba. El árbitro peruano Alberto Tejada no escuchó los reclamos de los jugadores y el banco argentino. Luego de superar a Perú como visitante por las eliminatorias para el Mundial 2006 en septiembre de 2004 (cuando el seleccionado argentino se encontraba en puestos de clasificación), Bielsa sorpresivamente decidió abandonar su cargo por cuestiones personales. En la Copa Mundial de Fútbol de 1978, ganaron por 3-0 a Irán, empataron ante Perú a 0 y perdieron por 3-2 ante Escocia, para pasar como segundos de grupo tras los peruanos. Tres partidos destacan hasta la última jornada: jornada 27, el Levante U. D. pierde el puesto 4.º a favor del Málaga CF tras un partido que acabó 1-0 para los malagueños; jornada 31, el Levante U. D. vuelve a empatar contra el Valencia CF en Mestalla: fiesta granota; jornada 36, si se ganaba este partido se daba un gran paso para soñar con jugar en Europa, y se ganó, Levante U. D.-Granada CF, 3-1. En la última jornada el Levante U. D., en el llamado "el partido más importante de la historia del club", conseguía imponerse 3-0 al Athletic Club con goles de Ghezzal por partida doble y de Farinós, con la derrota del Mallorca en el Santiago Bernabéu, se lograba la clasificación para un torneo europeo, quedando 6.º en la Primera División de camiseta españa 2022.

Tras acabar la Liga, de los 38 partidos que había jugado, solo logró ganar siete y empatar cinco. Fue sustituido por Gianni De Biasi, que mejoró los resultados del equipo, pero no lo suficiente como para acercarse a la salvación, dado que el equipo ya estaba totalmente hundido. Poco después contrataron a José Ángel Moreno para suplir la baja de Gianni De Biasi. No obstante, en la temporada siguiente (2005/06), y con dos entrenadores, primero con José Oltra y, tras su destitución, con José Manuel Esnal "Mané", acompañado de Ángel Garitano, el Levante volvió a alcanzar su objetivo en Lérida y regresó a la Primera División. Solo el Sporting de Gijón en la temporada 1997/1998 tuvo un inicio peor. En la temporada 2010/11 el Real Oviedo empezó la temporada muy irregular perdiendo bastantes partidos; en la 2.ª vuelta y ya con José Manuel Martínez como entrenador las cosas seguían igual, y el colmo fue la derrota en casa contra el Real Sporting de Gijón "B" por 0-1. A partir de ahí el Real Oviedo cambió de entrenador a Pacheta, con el cual obtuvieron bastantes victorias y acabaron la temporada 8.º en el grupo 2 de Segunda División B, lo que les dio el privilegio de jugar la Copa del Rey la temporada siguiente.

Para la temporada 2011/12, Juan Ignacio Martínez se convierte en el nuevo entrenador tras la marcha de Luis García Plaza al Getafe CF. Empezó la temporada con Abel Resino como entrenador, con el que logró salvarse en la campaña anterior; pero fue destituido en la séptima jornada, como consecuencia de encadenar un empate y seis derrotas, cinco de ellas de forma consecutiva. El Levante U. D. empieza la temporada empatando contra Getafe CF y Racing de Santander; a partir de ahí comenzaría lo que se conocería como la mejor temporada de la historia. Consiguió la permanencia en la penúltima jornada de liga, empatando con el Valencia CF en Mestalla y alcanzando la posición 14.ª El Levante U. D. hizo su mejor temporada de toda su historia, batiendo dos récords: récord de puntos (45) y Felipe Caicedo fue su jugador con más goles en una temporada (13 goles). Igualmente, el 2 de julio de 2002, Camacho anunció que no seguiría al frente de la selección, cerrando así un ciclo con una selección en clara proyección ascendente. Ese año (2006/07) sí que se consiguió la permanencia (López Caro y Abel Resina). La temporada finalizó con el equipo sellando la permanencia a falta de poco menos de una decena de jornadas y logrando el octavo puesto.